河北大学王启明团队提出基于基因组水平的酵母菌属级分类单元界定标准，并完成耳念珠菌分支（Candida auris clade）及其相关属的重新划分

包括酵母菌在内的真菌的属级分类单元的正确界定不仅对真菌系统学和生物多样性研究具有重要意义，而且对生物进化研究及在其它领域的应用也有重要的影响。传统的真菌的属的定义主要基于表型特征。但是，酵母菌的表型特征稀少，依靠形态学特征进行界定往往存在局限。近年来单基因或多基因系统发育分析也被用来作为酵母菌属的划分依据，但是仍然存在一些类群系统发育位置不确定和单系群分支划分困难的问题。

本研究以酿酒酵母科（Saccharomycetaceae）为例，探讨了多种基于基因组学的分类方法对于属级分类单元划分的适用性。通过系统基因组学分析、平均氨基酸一致性（average amino acid identity，AAI）、保守特征插入/缺失（the presence of conserved signature indels，CSIs）、保守性蛋白百分比（the percentage of conserved proteins，POCP）和同源基因存在-缺失模式（the presence-absence patterns of orthologs，PAPO）等方法，对酿酒酵母科中13个被广泛接受的属进行分析。结果表明80 ~ 92%的POCP值和60 ~ 70%的AAI值可作为酿酒酵母科内属级分类单元界定的有效阈值。此外，PAPO和CSIs分析中鉴定的属内特异性基因和氨基酸缺失可以作为酿酒酵母科中属的划分依据。本研究还根据以上分析结果，对Kazachstania、Nakaseomyces和Tetrapispora属的划分进行了修正，提出8个新属和41个新组合。本研究结果为酵母菌和丝状真菌中属的界定提供了新的方法和标准。

耳念珠菌又称为耳道假丝酵母（Candida auris），是一种新发的真菌病原体，目前约50个国家已报道数万例相关感染病例。耳念珠菌通常具有多重耐药、传播性强和血流感染病死率高等特征，被称为“超级真菌”。该种隶属于梅奇酵母科（Metschnikowiaceae）的Candida auris分支，该分支包含多个多重耐药临床来源物种。临床常见的很多念珠菌，例如，白念珠菌和光滑念珠菌，隶属于德巴氏酵母菌科（Debaryomycetaceae）狭义假丝酵母属（Candidasensu stricto）。处于不同进化分支的这两类念珠菌具有不同的耐药特性和其它生物学性状。这意味着把它们划归在一个属内即不利于进化和遗传研究，也不利用病原菌的临床诊断和治疗。

我们根据以上酵母菌属级分类单元基因组水平界定标准对耳念分支及其近缘属的分类地位进行了重新界定。我们把耳念分支的物种划分在新建的Candidozyma属，另外成立了12个新属容纳其它梅奇酵母科内假丝酵母属物种。

以上两个研究成果以姊妹篇形式近期发表在Persoonia。河北大学生命科学学院2021级博士研究生刘菲作为以上两篇论文第一作者，王启明研究员为通讯作者。该研究获得国家自然科学基金项目（31961133020、32370015、31770018）、中国科技部项目（2021FY100900）和河北大学高级人才培育项目（521000981388）的支持。

原文链接：

F. Liu, Z.-D. Hu, A. Yurkov, X.-H. Chen, W.-J. Bao, Q. Ma, W.-N. Zhao, S. Pan, X.-M. Zhao, J.-H. Liu, Q.-M. Wang*, T. Boekhout. Saccharomycetaceae: delineation of fungal genera based on phylogenomic analyses, genomic relatedness indices and genomics-based synapomorphies. Persoonia, 2024 (中科院一区，JCR Q1，IF=9.5). https://www.ingentaconnect.com/contentone/nhn/pimj/2024/00000052/00000001/art00001

F. Liu, Z.-D. Hu, X.-M. Zhao, W.-N. Zhao, Z.-X. Feng, A. Yurkov, S. Alwasel, T. Boekhout, K. Bensch, F.-L. Hui, F.-Y. Bai, Q.-M. Wang*. Phylogenomic analysis of the Candida auris-Candida haemuliclade and related taxa in theMetschnikowiaceae, and proposal of thirteen new genera and sixty-four new combinations. Persoonia (中科院一区，JCR Q1，IF=9.5), 2024. https://www.ingentaconnect.com/contentone/nhn/pimj/2024/00000052/00000001/art00002