中国生物物种名录2016版共收录物种及种下单元86575个，其中物种76487个，种下单元10088个。收录了以下生物类群（物种数，种下单元数）：

动物界：环节动物门（488，20）、节肢动物门（20247，1858）、腕足动物门（8，0）、苔藓动物门（197，0）、刺胞动物门（1520，6）、棘皮 动物门（588，9）、螠虫动物门（11，0）、内肛动物门（8，0）、半索动物门（7，0）、软体动物门（2302，41）、粘体动物门（39，0）、 线虫动物门（192，0）、纽形动物门（58，0）、帚虫动物门（4，0）、多孔动物门（165，7）、星虫动物门（43，1）、脊索动物门 （6164，1922）。其中，脊索动物门包括无颌纲（8，0）、两栖纲（416，0）、鸟纲（1373，1791）、狭心纲（4，0）、哺乳纲 （563，115）、鱼纲（3337，16）、爬行纲（463，0）。

细菌界：放线菌门（45，0）、拟杆菌门（30，0）、绿细菌门（1，0）、蓝细菌门（158，5）、厚壁菌门（48，0）、变形菌门（181，1）。

色素界：硅藻门（1245，406）、卵菌门（264，24）、褐藻门（292，8）。

真菌界：子囊菌门（1753，103）、担子菌门（1579，41）、壶菌门（12，0）。

植物界：被子植物门（30612，4923）、苔藓植物门（2576，178）、绿藻门（199，18）、裸子植物门（246，78）、蕨类植物门（2401，201）、红藻门（496，12）。

原生动物界：变形虫门（359，15）、丝足虫门（3，0）、领鞭毛虫门（1，0）、纤毛门（497，1）、双鞭毛虫门（253，50）、渗养门（3，0）、放射虫门（537，10）。

病毒：双链DNA病毒（368，27）、双链RNA病毒（35，26）、单股负链RNA病毒（51，12）、单股正链RNA病毒（131，56）、逆转录病毒DNA或RNA（5，0）、反转录病毒（25，9）、单链DNA病毒（36，20）、类病毒（4，0）。

与2015版比较，主要有以下变更：

动物界：首次收录了节肢动物门蛛形纲中气门目和前气门目，分别新增55和1251个物种及种下单元。昆虫纲下新增半翅目，新增566个物种及种下单元、553个同 物异名；新增同翅目，新增278个物种及种下单元、279个同物异名；鞘翅目新增668个物种及种下单元、325个同物异名；鳞翅目新增113个物种及种 下单元、45个同物异名。脊索动物门下两栖纲新增6个物种及种下单元；爬行纲新增48个物种及种下单元。

色素界：卵菌门新增81个物种及种下单元、56个同物异名。

真菌界：首次收录了壶菌门，新增12个物种及种下单元。

植物界：被子植物门新增201个物种及种下单元，裸子植物门新增1个物种及种下单元，蕨类植物门新增8个物种及种下单元。